综合性附属医院：
专科性附属医院：
第一附属医院
附属口腔医院
第二附属医院
附属脑科医院
附属南京医院
附属儿童医院
附属无锡人民医院
附属妇产医院
附属淮安第一医院
附属肿瘤医院
附属常州第二人民医院
附属苏州医院
附属江宁医院
附属泰州人民医院
附属无锡第二医院
紧密型合作单位：
江苏省疾病预防控制中心
南京市疾病预防控制中心
江苏省省级机关医院
南京医科大学眼科医院
南京医科大学友谊整形外科医院
南京明基医院
无锡市疾病预防控制中心
无锡市妇幼保健医院
无锡市儿童医院
无锡市精神卫生中心
常州市妇幼保健院
新疆克州人民医院
新疆伊犁州友谊医院
南京医科大学附属逸夫医院（附属医院建设点）
南京医科大学第四附属医院（附属医院建设点）
